Fruto del establecimiento de los carmelitas Descalzos en la Isla de León en 1680 fue la fundación de la Hermandad de Nuestra Señora del Carmen cuyo primer cabildo se celebró el 24 de agosto de 1698, resultando elegido Hermano Mayor D. Luis de Ardila.
La licencia fundacional, dada en el Convento de Campo de Criptana por el P. General Fray Juan de la Anunciación el 16 de mayo de 1698, otorgaba a la Hermandad derecho de propiedad de Imagen propia de la Virgen. La actual y devota Imagen es una obra anónima de procedencia genovesa, donación realizada por el Primer Hermano Mayor en 1708.
En el año 1740 la Hermandad adquiere al convento la tercera Capilla de la nave de la Epístola. Las obras del retablo se encargan al maestro tallista, afincado en Cádiz, D. Antonio de la Vega y el dorado a D. Antonio Valentín de Ostos.
La Hermandad celebraba de ordinario principalmente tres cultos:
La celebración de la Fiesta de la Virgen el Domingo Infraoctavo de la Festividad del Carmen, con sermón y procesión a la tarde con cruz parroquial y manifestación del Santísimo Sacramento. Esto último, es privilegio otorgado a la Hermandad desde la fundación y ratificado por el Obispado en 1784.
A la Procesión del Corpus Christi de la Parroquia con sede en la antigua Iglesia del Castillo, asistía con la Imagen de la Virgen y celebraba solemnemente las honras generales por los hermanos difuntos durante el mes de noviembre con la instalación de un túmulo. Los cofrades eran inhumados en las dos bóvedas de enterramientos que la hermandad aún posee en la Iglesia.En numerosas ocasiones los vecinos de la Isla han solicitado la intercesión de la Santísima Virgen del Carmen con motivo del azote de epidemias o catástrofes naturales: en 1755, procesión de rogativa para apaciguar las aguas del maremoto de Lisboa, en 1774, por el desastre provocado por un temblor de tierra, en 1794, por el triunfo de las Armas españolas frente a los franceses, para mitigar la epidemia de fiebre amarilla en el año 1800, la de cólera de morbo asiático en 1854 y la de gripe en 1918.
A iniciativa del Marqués de la Victoria, en 1769 se traslada el Departamento Marítimo de Cádiz a la Real Villa de la Isla de León. Gran devoto de la Virgen, impulsa la devoción carmelitana en la Armada iniciándose una indisoluble relación que lleva a notables marinos a ocupar los cargos de Hermano Mayor y Oficiales de la Hermandad.Esta dilatada vinculación se reafirma cuando a principios del siglo XX, siendo prioste el Coronel de Artillería D. Juan de Aguilar y Lozano, se eleva propuesta a la Reina Regente Doña María Cristina de Habsburgo para su nombramiento como Patrona de la Armada. Petición que aprueba el Ministro de Marina, D. Cristóbal Colón de la Cerda, duque de Veragua por Real Decreto de fecha de 19 de Abril de 1901.
En reconocimiento por tan alta distinción la Hermandad acuerda al año siguiente, nombrar Hermano Mayor Honorario al Capitán General del Departamento Marítimo. La Santísima Virgen, por Decreto publicado en el Boletín Oficial del Ministerio de Marina el 10 de agosto de 1955, recibe los Honores de Capitán General.
Su Majestad, Alfonso XIII acepta el nombramiento de Prioste y Protector de la Hermandad, distinguiendo a la Cofradía con el Título de Real el 19 de diciembre de 1907.
El 14 de junio de 1920, atendiendo a la petición elevada por el Ayuntamiento presidido por D. Salvador García Suffo, mediante Rescripto Pontificio de Su Santidad Benedicto XV, la Santísima Virgen del Carmen fue nombrada Patrona de la Ciudad de San Fernando. La celebración del Patronazgo, se verificó los días 16 y 17 de julio del siguiente año. En 1954, siendo alcalde D. Francisco García Ráez, recibe la distinción de Alcaldesa Perpetua y Honoraria por acuerdo del Pleno celebrado el 27 de octubre.
Motivo de especial orgullo supone para la Hermandad, que mediante sus gestiones se pudo restaurar la vida de comunidad carmelitana en 1922, tras la exclaustración de 1835.
Culmen de esta fervorosa devoción, fue la Coronación Canónica y Pontificia. Su Santidad el Papa, Pío XII, en correspondencia a las preces elevadas por la Armada, el Ayuntamiento, la Sociedad de Fomento y Defensa, la Hermandad y la Orden del Carmen, ordena mediante un Breve Pontificio Vaticano la Coronación de la Patrona. El día 12 de octubre de 1951, el Obispo de Cádiz, D. Tomás Díez Gutiérrez, en nombre del Santo Padre, coronó a la Santísima Virgen y su Divino Niño, con una soberbia obra de orfebrería del insigne maestro sevillano D. Manuel Seco Velasco.
